Darüber wird seit Langem debattiert. Bis 2018 zählte die Weltgesundheitsorganisation (World Health Organization, WHO) eine Störung der Geschlechtsidentität zu den „psychischen und Verhaltensstörungen“. Dies wurde nun überarbeitet, auch aufgrund öffentlichen Drucks von Betroffenen, die sich diskriminiert und stigmatisiert fühlen. Fortan wird der Name „Geschlechtsinkongruenz“ geführt und die Einordnung als „sexueller Gesundheitszustand“ (englisch: sexual health condition) vorgenommen.
Die WHO verantwortet das internationale Klassifizierungssystem für Krankheiten (ICD), an dem sich Diagnosen orientieren. In deren neuer Version ICD-11 sind die obigen Anpassungen übernommen.