Bei einer Magersucht ist der gesamte Körper unterversorgt, da Nährstoffe, Elektrolyte und auch Wasser nicht in ausreichendem Maß aufgenommen werden. Dadurch kann es zu langfristigen körperlichen und psychischen Folgen kommen: verlangsamter Herzschlag, Herzrhythmusstörungen, Störungen der Nierenfunktion, Osteoporose, Hormonstörungen bis hin zur Unfruchtbarkeit, Potenzprobleme, Abbau von Nervenzellen, Blutarmut, Herz- und Skelettmuskelschwund, Depressionen, Isolation oder Angststörungen. Tritt die Magersucht sehr früh auf, wird die Entwicklung beeinträchtigt: Zum Beispiel stellt sich die Menstruation nicht ein oder das Knochenwachstum ist gestört.
Mit fortschreitender Dauer der Erkrankung schränkt der Körper seine Funktionen ein. Dann kann schon ein leichter bakterieller Infekt tödlich enden. Insgesamt hat Anorexia nervosa die höchste Sterblichkeitsrate unter allen psychischen Erkrankungen.