L'anorexie implique que l'ensemble du corps est sous-alimenté, car les nutriments, les électrolytes et même l'eau ne sont pas absorbés en quantité suffisante. Cela peut entraîner des conséquences physiques et psychiques à long terme : ralentissement du rythme cardiaque, troubles du rythme cardiaque, troubles de la fonction rénale, ostéoporose, troubles hormonaux pouvant aller jusqu'à la stérilité, troubles sexuels, dégradation des cellules nerveuses, anémie, atrophie des muscles cardiaques et squelettiques, dépression, isolement ou troubles anxieux. Si l'anorexie apparaît très tôt, le développement du corps peut en être affecté ; par exemple, les menstruations ne s'installent pas ou la croissance osseuse est perturbée.
Au fur et à mesure que la maladie progresse, le corps limite ses fonctions. Même une légère infection bactérienne peut alors avoir une issue fatale. Globalement, l'anorexie mentale a le taux de mortalité le plus élevé parmi toutes les maladies psychiques.