Eine schlüssige Erklärung für eine Geschlechtsinkongurenz (Störungen der Geschlechtsidentität) gibt nicht, jedoch vielfältige Befunde ganz unterschiedlicher Fachgebiete. Dazu zählen beispielsweise die Molekulargenetik, Embryologie, Endokrinologie und die Neurowissenschaften. Für möglich gehalten werden Veränderungen an Genen, Testosteron im Fruchtwasser und geschlechtsdifferente Gehirnasymmetrien. Auch psychosoziale Effekte werden als Ursache in Erwägung gezogen.