Les déficits intellectuels sont souvent dus à des problèmes et des mutations génétiques. Ils peuvent également être causés par des problèmes avant, pendant et après la naissance, par exemple un accouchement prématuré ou un traumatisme à la naissance. La consommation de drogues, de médicaments ou d’alcool pendant la grossesse peuvent également être un facteur déclenchant. D'autres troubles comme des défauts de développement cérébral et des infections peuvent apparaitre. Dans de nombreux cas cependant, la véritable cause n’est pas connue.